《美少女战士Crystal》讲述月野兔是一个个性迷糊又爱哭的中学二年级女生，有一天在路上遇上了一只额头上有着三日月印的黑猫露娜。此契机使之变身为爱与正义的水手服美少女战士Sailor Moon。兔与其朋友化身为战士的使命，在于找寻幻之银水晶，以保护某个王国的公主。另一方面，黑暗帝国的贝尔女王显现，为了得到幻之银水晶，派部下至兔居住的城镇中，引发了各样奇怪的事情。到底一众美少女战士能否完成她们的使命？