《游戏王ZEXAL》讲述在近未来的城市心之地里，无论是大人或小孩都热衷于AR决斗。这城市的主角九十九游马热衷于这种决斗，但一直以来都是连败者。某日，九十九游马与学校头号不良少年鲨鱼决斗，而这场决斗将改变九十九游马的命运。于这场激斗中，出现在九十九游马梦里的诡异大门突然出现，并被九十九游马利用挂坠锁匙打开。 大门散发出无数光芒，站着九十九游马身旁的是从异世界来的神秘生命体星光体！为取回星光体失去的记忆，星光体需拿回99张名字带有No的超量怪兽卡，因此九十九游马及星光体两人开始一起行动。星光体出现真正目的是什么？新的怪兽No怪兽的存在到底是何方神圣？面对持续出现在游马面前的强力竞敌，星光体身上的谜团也逐渐明朗化。而本故事就是讲述这搭挡缔造的新决斗传说。