《灰色：幻影扳机》讲述改编自Frontwing制作《灰色的果实》系列最新作。日美联合反恐组织防卫省中央调查部谍报2科分室通称CIRS（Central Intelligence and Research Second）在海上油井爆炸事件（《灰色的乐园》结局的希斯奥斯陆事件）后因被公之于众而重组为SORD（Social Ops,Research  Development）。以培育国防人才为目的的SORD与全国各地的学校展开合作。废校后被闲置的美滨学园被个人所收购，成为了特殊技能训练校。在这样的校园中，因各种理由而失去了容身之地的少女们被授予了武器。以国防的名义，她们被派遣执行一个又一个危险的任务。 我们被赋予在世界上的容身之处。但仅仅那样是不够的，躲在别人的背后活着毫无意义。所以，依靠自己的力量，为生存而战斗。 只有幸存者才有活着的资格 无论遭受何等苦难却选择拿起武器继续战斗的少女们的未来是...