《舰队Collection剧场版》讲述这是一个人类失去制海权的世界。蹂躏大海的威胁叫做深海栖舰。LogoLogo可以与这种威胁进行对抗的，只有被称为舰娘的继承了存活舰艇之魂的女孩们。对抗深海栖舰的舰队据点就是镇守府。那里汇聚了形形色色的舰娘，她们每天都在那里切磋训练，那里是大家共同生活的地方。某天，镇守府迎来了一名新舰娘。她是特型驱逐舰名叫吹雪。吹雪的舰娘物语现在开始。